Fortalecen investigación para analizar bacterias ESKAPE
Alma Karen Orozco Ochoa, estudiante del doctorado en ciencias, realizó una estancia de investigación en la Unidad de Investigación de Microbiología y en el Centro para la Seguridad de los Productos Agrícolas del Departamento de Agricultura de Estados Unidos (USDA, por sus siglas en inglés) en Albany, California, EE.UU.
Durante abril la joven recibió capacitación sobre las técnicas moleculares de secuenciación mediante nanoporos para la caracterización genómica de las bacterias patógenas Eskape (Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa y Enterobacter spp.).
Como científica anfitriona de la USDA, la profesora Beatriz Quiñones certificó que la estudiante, quien es alumna del académico Cristóbal Chaidez Quiroz, recibiera asesoramiento sobre el total manejo de técnicas para que posteriormente las implemente en su institución académica.
Los patógenos Eskape son aquellas bacterias altamente virulentas y capaces de evadir el funcionamiento de múltiples clases de antimicrobianos. Desde 2015 se ha identificado su prevalencia en México, involucradas en una variedad de infecciones hospitalarias potencialmente mortales.1
En los últimos años se ha identificado su prevalencia en muestras de aguas superficiales, aguas residuales, alimentos y suelo. La información sobre la persistencia y los riesgos posteriores para la salud humana que plantean los aislados de Eskape es limitada2.
Como parte del proyecto de investigación doctoral de Orozco Ochoa, titulado “Modelado de la dinámica bacteriófago-hospedero y su aplicación a la terapia de Acinetobacter baumannii”, la estancia de investigación le ha sido útil para realizar la secuenciación mediante nanoporos para identificar y caracterizar genómicamente aislados clínicos y de alimentos de la bacteria patógena Acinetobacter baumannii.
La secuenciación de ADN a través de la tecnología de secuenciación mediante nanoporos de Oxford Nanopore consiste en la secuenciación de una sola molécula de ADN, a diferencia de las otras tecnologías donde se requiere de una amplificación por emulsión o de la amplificación clonal en puente de la secuenciación Ilumina, de manera que la cobertura de lectura y análisis que se obtiene con el dispositivo MinION portable en esta tecnología es muy similar a la que proporciona la secuenciación completa del genoma mediante secuenciadores de mayor escala.3
Con las lecturas que se obtuvieron en el anterior análisis señalado, se realizará ahora el correspondiente análisis bioinformático para identificar a estas bacterias. Posteriormente se podrá evaluar con mayor detalle la similitud genómica en función de la resistencia a los antibióticos, la relación genética y la virulencia de estos patógenos Eskape multirresistentes a antibióticos causantes de la muerte de miles de personas al año en el mundo.
Esta investigación contribuirá a proporcionar mayor información a la sociedad en general y la comunidad científica sobre los riesgos potenciales para la salud pública asociados con el uso de antibióticos en la producción de alimentos y animales, así como para detectar la presencia de estos patógenos en los ambientes nosocomiales y exponer la importancia de implementar métodos de desinfección, limpieza y esterilización hospitalaria eficientes para prevenir el contagio de infecciones bacterianas de interés global.
Referencias
1 Chávez-Jacobo, V. M. (2020). La batalla contra las superbacterias: No más antimicrobianos, no hay Eskape. TIP Revista Especializada en Ciencias Químico-Biológicas. DOI:10.22201/fesz.23958723e.2020.0.202.
2 Idris, F. N. y Nadzir, M. M. (2023). Multi-drug resistant ESKAPE pathogens and the uses of plants as their antimicrobial agents. National Library of medicine. DOI:10.1007/s00203-023-03455-6.
3 Tolosa, A. (2022). Secuenciación mediante nanoporos para diagnosticar más de 50 enfermedades genéticas en una sola prueba. Genotipia. https://genotipia.com/genetica_medica_news/.
Autores(as): Cristóbal Chaidez Quiroz, investigador del CIAD Culiacán, y Alma Karen Orozco Ochoa, estudiante del doctorado en ciencias
