En los últimos años los brotes asociados al consumo de frutas y hortalizas han ido en aumento, y con la introducción de Salmonella, E. coli y Listeria multiresistentes, el pronóstico no es nada halagador.
Se espera que más personas se enfermen y la industria reciba el impacto económico por cierre de fronteras a sus productos, por lo que el comercio de frutas y hortalizas frescas en el mundo globalizado actual exige cada vez más avances tecnológicos en la producción, manipulación, elaboración y distribución de los alimentos. Las investigaciones sobre las infecciones asociadas a las frutas y hortalizas van a ser radicalmente transformadas, a través de la secuenciación masiva del genoma.
Actualmente las empresas y científicos Mexicanos, en lo general, avanzan a velocidades diferentes, pero siempre es un buen momento para encontrarnos en el camino. Son pocas las empresas que aplican técnicas de biología molecular para caracterizar las bacterias aisladas. La Electroforesis en Gel de Campos Pulsantes (PFGE, por sus siglas en Ingles) fue descrita en los años ochenta como una herramienta para examinar el genoma cromosómico de organismos vivos. Este ha sido uno de los progresos más útiles de la epidemiologia molecular en las décadas pasadas; emerge en los años noventa como “la huella dactilar”, considerada el “estándar de oro” para la tipificación molecular de microorganismos.
Sin embargo, la secuenciación masiva del genoma es una técnica mucho más precisa. El desarrollo en los últimos años de las denominadas tecnologías de secuenciación masiva permite actualmente obtener millones de secuencias de DNA a una velocidad sin precedentes y a un costo cada vez más reducido (menos de 50 dólares por corrida). De una manera coloquial podrías decir que la PFGE te ayuda a detectar el color y tipo de teléfono móvil que utilizas, mientras que la secuenciación masiva del genoma te provee información sobre los circuitos integrados del móvil.
Entre los beneficios que podríamos tener con el empleo de la secuenciación masiva del genoma se encuentra la rapidez y exactitud para conectar a un paciente enfermo, durante un brote, con el agente causal. Otro beneficio sería poder rápidamente (en días) identificar la fuente de contaminación, solo después de algunos pacientes enfermos, y así reducir el tiempo que se tarda para retirar el alimento contaminado de las tiendas de autoservicio.
Actualmente, la forma en que se realiza un rastreo de la fuente de contaminación puede tardar meses, ya que se requiere evaluar muestras de pacientes enfermos en laboratorios del gobierno federal; si un número significativo de pacientes coinciden con la misma especie bacteriana, se procede a realizar entrevistas para identificar alguna coincidencia de alimento consumido. Sin embargo, los resultados nunca han sido definitivos y mientras el proceso de investigación epidemiológica continua, más personas enferman.
¿Qué se debe hacer?
Establecer una red nacional de laboratorios equipados y personal capacitado para secuenciar cepas bacterianas encontradas en pacientes enfermos y de muestras ambientales. Posteriormente estas secuencias deben ser colocadas en una base de datos. Lo interesante de la secuenciación masiva es que te permite no solo diferenciar entre especies, sino también la evolución y pequeñas mutaciones que se presenten a través del tiempo.
Para ello, es necesario que la industria, gobierno y academia construyan una gran alianza que permita generar una base de datos robusta que garantice el rastreo de la fuente microbiana. Es decir, el rastreo desde su origen hasta la comercialización final, pasando por todas las fases de manipulación, transportación, arribo a destino y transformación final de un producto o materia prima, así como muestras ambientales (agua de uso agrícola, suelo, compostas, superficies de contacto, etc…) en campo y empaque.
El uso de tecnologías de última generación, como es la secuenciación masiva de los genomas, permitirá asegurar la fuente, el origen, y facilitar el rastreo de los productos, permitiendo en ambos casos el retiro temprano del producto de los anaqueles.
Colaboración del Dr. Cristóbal Chaidez Quiroz
Laboratorio Nacional para la Investigación en Inocuidad Alimentaria
Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo (CIAD)
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