En cuanto a la operación sustantiva del CIAD, la institución cuenta con 3 coordinaciones transversales que administran la gestión de los ejes sustantivos de la academia, la investigación y la vinculación que concurren estratégicamente para el cumplimiento de los objetivos de los Programas de Posgrado que es: Formar recursos humanos en maestrías y doctorados, con habilidades y competencias que contribuyan a la generación de conocimiento y a proponer soluciones científicas y tecnológicas a las problemáticas en las áreas de alimentación, nutrición y salud pública y medio ambiente.
Todo ello en la búsqueda continua de contribuir al desarrollo del país y de las regiones, con apego a valores éticos, humanistas y de responsabilidad social.
Los órganos actores que vigilan el cumplimiento del objetivo de los Posgrados son:
El o la Coordinadora de Programas Académicos. Quien coordina y supervisa los departamentos de control escolar y planeación educativa, así como las actividades docentes y estudiantiles de los Posgrados, gestiona la administración de programas y procesos en apego a las instancias gubernamentales correspondientes, coordina la planeación de los programas educativos, enlaza los órganos colegiados institucionales para funcionamiento de los Posgrados, vigila el cumplimiento de los sistemas internos y externos de aseguramiento de la calidad de los Posgrados, presenta las iniciativas de re-estructuración y ejecución de planes y programas.
El Comité de Docencia. Órgano máximo colegiado para los programas de Posgrado y es el encargado de vigilar el cumplimiento de reglamentos, lineamientos y procedimientos asociados, así como de discutir, analizar y, en su caso, aprobar las modificaciones al mismo.
Unidades de Administración Escolar. Coordinan y orientan los procesos de control escolar, apoyo administrativo, archivo, planeación educativa, ingresos, egresos, servicios escolares, sistemas y aplicaciones tecnológicas. Administran los espacios académicos del CIAD, así como la emisión y control de documentos en apego a la normatividad institucional.
Los Consejos Académicos. Autoridad académica integrada por el Coordinador Académico o Regional y los investigadores de cada Coordinación, quienes analizan y deciden los asuntos de orden académico. En conjunto con la Coordinación de Programas Académicos, participan en la planeación y toma de decisiones en cuanto a planes de estudio y políticas de asignación de estudiantes en el cuerpo de investigadores de cada sede o coordinación.
Los Comités de Seguimiento. Figuras de apoyo al seguimiento del desempeño académico de estudiantes y docentes quienes llevan los asuntos de conflictos o desviaciones en el desempeño académico.
La Unidad de Bienestar estudiantil y docente. Planifica, coordina y ejecuta programas dirigidos a la atención de los valores de satisfacción personal, vocacional, social y otros de pertenencia para el bienestar integral de estudiantes, docentes y administrativos.