Proyectos vigentes

Este es un proyecto de ciencia básica que incide en el problema prioritario de Soberanía y Seguridad Alimentaria del Programa Institucional 2023-2024 de CIAD; mediante los dos primeros objetivos prioritarios al desarrollar ciencia de frontera y formación de recursos humanos especializados. Esto a través del uso de metodologías moleculares y análisis bioinformático del genoma bacteriano para el estudio de los elementos que pueden contribuir a la patogenicidad de algunas especies del género Vibrio; especialmente V. parahaemolyticus. Especie considerada una de las principales causas de gastroenteritis asociada al consumo de alimentos marinos, por lo que se considera un patógeno que afecta la inocuidad de pescados y mariscos.

En el primer semestre se inició con la activación y acondicionamiento de cepas de V. parahaemolyticus previamente aisladas, así como el aislamiento de esta bacteria en agua de mar y productos marinos de la región. En este momento se cuenta con 20 cepas disponibles para su estudio; por lo que aún se continuará con la etapa de aislamiento de cepas del género Vibrio. De manera simultánea se capacitó en técnicas bioinformáticas a un estudiante de doctorado, y se obtuvieron y descargaron 200 genomas de la base de datos pública NCBI-National Center for Biotechnology Information para su posterior análisis bioinformático. Se estima iniciar con la detección de factores de virulencia y sistemas de secreción tanto en cepas aisladas como en los genomas descargados de bases públicas durante el próximo año.

En el segundo semestre se continuó con el aislamiento, activación, acondicionamiento e identificación de cepas de V. parahaemolyticus. Actualmente se cuenta con 56 cepas disponibles para su estudio; por lo que aún se continuará con la etapa de aislamiento de cepas del género Vibrio. Simultáneamente se depuró y verificó la base de datos incluyendo 203 genomas de V. parahaemolyticus. Los genomas fueron analizados por métodos bioinformáticos utilizando los programas HMMER v3.3 y Blastp 2.9.0+. Se identificaron 68 proteínas para T1SS-T7SS en genomas de V. parahaemolyticus, analizando su variabilidad por componentes principales (PCA) y su distribución por HEATMAP. Se detectó una amplia presencia y distribución del los SS en los genomas. T1SS, T3SS y T6SS mostraron alta variabilidad dentro del SS. Se detectaron asociaciones entre T1SS y T3SS donde se observaron correlaciones positivas. También se observaron correlaciones negativas entre las proteínas funcionales del T4SS. Además, el T4SS se asocia fuertemente al origen del genoma. Se estima iniciar con la detección de factores de virulencia y sistemas de secreción tanto en cepas aisladas durante el próximo año. Parte de los resultados obtenidos a la fecha fueron presentados en el Segundo Congreso Internacional de Ciencias Alimentarias y Biotecnológicas (CICAB II), obteniendo el primer lugar en modalidad ponencia oral estudiantil.